A NÉBIH felügyeleti szerve az Agrár- és Élelmiszergazdaságért Felelős Minisztérium, mivel az államháztartásról szóló 2011. évi CXCV. törvény alapján miniszter alapította a hivatalt. A NÉBIH az Agrár- és Élelmiszergazdaságért Felelős Minisztérium irányítása alatt működő, a miniszter munkaszerveként a Kormány irányítása alatt álló különös hatáskörű államigazgatási szerv.
A NÉBIH felügyeleti szerve a minisztériumon belül az Élelmiszergazdaságért, - forgalmazásért és műveltségért felelős Államtitkárság, melynek vezetője dr. Búza László, államtitkár, állatorvos, az Állatorvostudományi Egyetem oktatója.
A NÉBIH az állategészségügyi, állatvédelmi feladatait az Állategészségügyi és Állatvédelmi Igazgatóság (ÁÁI) által látja el.
Az ÁÁI feladatkörébe tartozik az állategészségügyi járványügyi, állatvédelmi, az állati eredetű melléktermékekkel és élőállatok nyomon követésével kapcsolatos feladatok és az Állatkísérleti Tudományos Etikai Tanács (ÁTET) Titkárság működtetése.
Az ÁÁI szervezeti felépítés szerint három osztályra tagolódik:
Az Agrárminisztérium és a Nemzeti Élelmiszerlánc-biztonsági Hivatal által 2013-ban közösen indított program célja, hogy minél több otthontalan kutya és még „kutyátlan” gazdi találjon egymásra.
Állatkísérleti Tudományos Etikai Tanács:
